Bij grootschalige opgravingen in 1994 kon door de zuidelijke helft van het park Valkenberg en een aansluitend deel van het Kasteelplein een groot aantal werkputten worden aangelegd. Deze werkputten volgden het oude te verwijderen en de nieuwe aan te leggen padenstelsel. Dit resulteerde in een zestal langgerekte werkputten, globaal oost-west en noord-zuid georiënteerd. Verwacht mocht worden dat er resten van het middeleeuwse Begijnhof, het Huis Valkenberg, het 16e eeuwse stallencomplex en middeleeuwse muurtorens konden worden aangetroffen.
Opgraving Begijnhof / Valkenberg 1994
De noordelijke begrenzing van het opgravingsterrein werd gevormd door de loop van de, in de zestiende eeuw gedempte, stadsgracht. Aan de oostzijde vormde het Begijnhof de begrenzing.
Deze opgraving werd in 1995 en 1996 gevolgd door een opgraving waarbij een groter gedeelte van het Kasteelplein tussen Prins Bernard Paviljoen en de kasteelgracht kon worden onderzocht en waarbij meer resten van het middeleeuwse Begijnhof werden verwacht.
Natuurlijk landschap
Met behulp van geofysisch onderzoek kon worden vastgesteld dat er een landschappelijke grens loopt door het Valkenberg waarbij aan de zuidzijde de relatief droge gronden lagen en de relatief vochtige terreinen aan de noordzijde. In grondgebruik zal dat ook een scheiding geweest zijn de tussen de akkers en de weidegronden.
IJzertijd
In diverse werkputten werden sporen aangetroffen die gerelateerd kunnen worden aan ijzertijdbewoning. Een structuur van vier paalkuilen, ploegsporen, greppels en een relatief grote hoeveelheid aardewerk suggereren een tamelijk intensieve bewoning in de IJzertijd/Romeinse tijd.
Middeleeuwse Begijnhof
De oudste bouw- en bewoningssporen zijn moeilijk te interpreteren. Een aantal greppels en een leemlaag uit die periode behoren misschien tot de oudste, dertiende eeuwse bebouwingsfase van een (houten) kapel. Ook op andere gedeelten van het terrein worden sporadisch greppels, leemvloeren en paalkuilen aangetroffen die tot de oudste fase van het Begijnhof horen. Het kerkterrein, met grafveld, werd in deze fase omgeven door een sloot. De oudste zaalvormig stenen kapel met rechthoekig koor, die op de plaats van de houten kapel verschijnt, bleek bij de opgraving volledig weggebroken.
Het kerkterrein, met grafveld, wordt in een latere fase niet meer door een sloot begrensd maar door een bakstenen muur. In het begin van de zestiende eeuw wordt een grotere kapel gebouwd op dezelfde plaats als de eerste stenen kerk, echter nu met een apsis i.p.v. een rechthoekig koor. Een halfcirkelvormige uitbouw aan de zuidzijde suggereert de aanwezigheid van een traptoren.
In 1995/96 werd het grafveldje op het kerkterrein opgegraven en bevatte in totaal 108 begravingen.
Eén van de meest verrassende vondsten tijdens dit onderzoek was de vondst van een goed geconserveerd stratensysteem uit de laatste fase van het Begijnhof. De breedte bedroeg gemiddeld zo'n 2,5 meter. Enkele tracés hadden een open gootje in het midden of aan de zijkant van het natuursteen plaveisel.
In totaal zijn er resten teruggevonden van een viertal stenen gebouwen, te weten een hoofdgebouw en een drietal gebouwen met meerdere woningen. Aan drie zijden van het Begijnhof werd een gracht aangetroffen. Aan de noordzijde was de situatie niet meer te reconstrueren door de aanleg van de latere kasteelgracht. Op het terrein van het Begijnhof zijn geen beerputten aangetroffen. Er werden slechts enkele afvalkuilen gevonden uit de laatse fase van het Begijnhof. Het overgrote gedeelte van de vondsten kwam uit de omliggende grachtjes.
Jongere bebouwing: het stallencomplex van het kasteel van Breda
In diverse werkputten in 1994 werd een substantieel deel van een groot onderkelderd gebouw teruggevonden van ca. 45.6 x 39 m met een grote centrale binnenplaats dat, na de sloop van het Begijnhof, op initiatief van Hendrik III hier werd gebouwd. Dit gebouw stond aan de oostzijde van het huidige plein vóór het Prins Bernard paviljoen en doorsneed de oosthoek van het middeleeuwse Begijnhof. De eerste fase bestond uit een drietal vleugels met aan de noordzijde een kleinere ruimte. Dit gebouw, bekend als de het stallencomplex, kende vanaf de bouw talloze wijzigingen en uitbreidingen. Tot de vestiging van de KMA in het kasteel vormde het west-gedeelte van het terrein een plein. Na 1828 werd dit plein afgesloten waarbij er een grote binnenplaats ontstond. De laatste restanten zijn in de jaren '50 gesloopt. Naast administratieve ruimten en magazijnen is hier ook de kaatsbaan en de manege van het Kasteel gevestigd geweest. Op de binnenplaats, tegen de noordvleugel werd een beerput opgegraven met opvallen fraai glas uit de 17e eeuw.
Verdedigingswerken
De oudste sporen van de stadsverdediging bestonden uit de restanten van een aarden wal, exact op het tracé van de stadsmuur. Datering van deze wal en de gracht ligt tussen 1250 en 1300. De onderste laag van deze wal is als een breed, maar dun, zand- en leemspoor bewaard gebleven. De breedte van het grondvlak van de wal bedroeg 10 meter. Samenhangend hiermee bevond zich op enkele meters de stadsgracht. Het tracé van de stadswal en -gracht suggereert dat deze aan de noordzijde van het oude 14de eeuwse kasteelcomplex doorloopt of aansluit. In het beperkte gedeelte van de stadsgracht dat werd opgegraven, werden grote hoeveelheden slooppuin van de stadsmuur of de torens aangetroffen. Van de stadsmuur zijn geen resten aangetroffen, wel zijn de funderingen van twee muurtorens opgegraven die in tegenstelling tot de stadsmuur stevig in de vaste bodem zijn gefundeerd. De afstand tussen beide torens bedroeg ca. 90 meter. De tussenliggende stadsmuur moet dus op de dan nog aanwezige wal gebouwd zijn. Na afbraak van muur en wal was het bewijs van de stadsmuur definitief verdwenen op dit tracé.
Huis Valkenberg
Het huis Valkenberg, dat beschouwd kan worden als de stadsresidentie van de Vrouwe van Breda, zal in het begin van de vijftiende eeuw zijn gebouwd op een driehoekig perceel tussen de stadswal, het middeleeuwse Begijnhof en de achterzijde van de percelen aan de Catharinastraat. Ondanks beschrijvingen, waaruit blijkt dat het een omvangrijk bouwcomplex bevat, zijn er maar een aantal schamele bouwresten ontdekt die niet het hoofdgebouw betreffen. Aan de oostzijde van het Begijnhof werd wel een 12 meter brede gracht ontdekt. Vermoedelijk bestaat er een verband tussen de uit historische bronnen bekende visvijver en de exceptionele breedte van de gracht. In deze gracht werd een houten constructie (steiger?) aangetroffen. Deze gracht behoort dus tot de ontwikkeling van het Valkenbergcomplex en niet tot het oude Begijnhof.
Uiteindelijk is er geen aanwijzing aangetroffen voor de ligging van huis Valkenberg. Pas in 2008 werd met behulp grondradar onderzoek en weerstandsmeting de locatie van huis Valkenberg duidelijk. Het blijkt dat de in 1994 uitgegraven wegcunetten netjes om deze locatie heenlopen.
Renaissance tuin
Na de sloop van huis Valkenberg werd het terrein ingericht als formele tuin, behorend bij het nieuwe kasteel van Breda. Van deze tuin zijn resten teruggevonden in de vorm van gootjes, waterputjes en de funderingen van de Orangerie. Er werden ook opvallend veel scherven gevonden van roodstenen overpotten.