Identificatie
Drie skeletten kunnen met zekerheid worden geïdentificeerd als Jan IV (1410-1475), zijn vrouw Maria van Loon (1425-1502) en hun zoon Engelbrecht II van Nassau (1451-1504). Deze drie bijzettingen lagen nog in de oorspronkelijke grafkisten.
In de nis van de kelder werden enkele botresten van een man en een vrouw aangetroffen die geïdentificeerd kunnen worden als Engelbrecht I (1370-1442) en Johanna van Polanen (1392-1445). Het oorspronkelijke graf van Engelbrecht I heeft waarschijnlijk plaats moeten ruimen voor de aanleg van de nieuwe familiekelder. Daarbij zijn de stoffelijke resten van Engelbrecht I en Johanna - die mogelijk in hetzelfde graf begraven lag - verzameld en opnieuw bijgezet in de nis van de nieuwe familiekelder. De nis onder het grafmonument was vermoedelijk bij de aanleg van de kelder speciaal bestemd voor deze herbegraving.
Het zesde skelet wordt op basis van de fysische kenmerken geïdentificeerd als Cimburga van Baden (1450-1501), echtgenote van Engelbrecht II. Het dendrochronologisch onderzoek van het hout van de buitenkist van deze bijzetting geeft echter een post quem datering van 1510 AD(+9-6). Hiermee zou de kist pas enkele jaren na de dood van Cirnburga zijn vervaardigd. Een oplossing voor dit probleem is (nog) niet gevonden.
Een tweede probleem doet zich voor bij de identificatie van de zevende bijzetting. Het dendrochronologisch onderzoek van de houten buitenkist levert een datering op tussen 1480 en 1520. De bijzetting kan waarschijnlijk geïdentificeerd worden als Francoise van Savoye, de eerste vrouw van Hendrik III van Nassau. Zij overlijdt in 1511 en wordt in de Grote Kerk begraven. De vastgestelde leeftijd van het skelet (34-37 jaar) lijkt echter af te wijken van de kalenderleeftijd van Francoise van Savoye. De historische literatuur geeft echter geen zekerheid over de leeftijd ("ouder dan 25 jaar").
De laatste intentionele bijzetting waarvan botresten zijn teruggevonden, betreft een oude vrouw (leeftijd: 62-71 jaar). Hoewel deze bijzetting buiten een kist en in verstoorde toestand is aangetroffen, wordt op basis van de kenmerken van het botmateriaal en de C14-datering aangenomen dat het om een primaire begraving gaat. De identiteit van de overledene is nog niet bekend.
Naast de acht stoffelijke resten is er een aanwijzing voor een negende bijzetting waarvan echter geen botresten zijn teruggevonden. In de kelder werd een bodem van een houten (buiten)kist gevonden die bij geen van de overige kisten hoort en waarmee ook geen skeletresten in verband gebracht kunnen worden. Voortgaand op de grote afmeting van de bodem (205 cm) wordt aangenomen dat deze afkomstig is van een houten buitenkist die zich oorspronkelijk om een loden binnenkist heen bevond. De lengte van de kist wijst er verder op dat de begraven persoon een man geweest moet zijn. De loden kist met de stoffelijke resten is mogelijk na verloop van tijd opnieuw uit de familiekelder gehaald om (elders in de kerk?) in een nieuw graf te worden bijgezet. Aanwijzingen over de identiteit van deze man ontbreken.
Uit historische bronnen is bekend dat ook Claudia van Chalon (1498-1521), de tweede vrouw van Hendrik III na haar dood in de oude familiekelder is bijgezet. In het graf werd echter geen enkel spoor van deze bijzetting aangetroffen. Ook hier moet aangenomen worden dat de stoffelijke resten achteraf uit de kelder zijn gehaald om elders opnieuw te worden begraven.
Grafkisten
Naast het bouwhistorisch onderzoek van de grafkelder en het fysisch-antroplogisch onderzoek van de stoffelijke resten werden ook de materiële resten van de begravingen onderzocht. Vijf bijzettingen lagen nog in de oorspronkelijke grafkisten.
Engelbrecht II, Cimburga van Baden en Francoise van Savoye waren oorspronkelijk begraven in een loden binnenkist en een houten buitenkist. De loden binnenkisten waren elk samengesteld uit verschillende loden platen. De bijbehorende buitenkisten zijn gereconstrueerd aan de hand van de losse houten planken die in grote hoeveelheden in de kelder zijn teruggevonden.
Jan IV en Maria van Loon waren begraven in houten kisten. Bij de laatste werden ook resten van een houten binnenkist teruggevonden. Geen enkel van de kisten vertoonde speciale versieringen of opschriften. Op enkele uitzonderingen na, bleek vrijwel al het kisthout uit Baltisch eikenhout te bestaan.
Balseming
De overledenen zijn na hun dood allen gebalsemd. De sporen van deze behandeling zijn aangetroffen op de stoffelijke resten. Daarnaast zijn in de kisten tal van bijzondere kruiden en andere plantenresten teruggevonden die gebruikt zijn tijdens het balsemingsproces. Na het balsemen werd het lichaam in een lijkwade gewikkeld. Alleen in de kist van Cimburga van Baden was het textiel goed bewaard gebleven. Naast een grote lijkwade werd bij deze bijzetting ook een wasdoek, een gezichtsdoek en twee kinbanden aangetroffen.
