Deze in 1970 gebouwde kerk aan de Vriesdongen is een ontwerp van architect C. Smink. Door afwezigheid van een toren en het ontbreken van standaard kerkelementen is de kerk op eerste gezicht niet als religieus gebouw herkenbaar.
Het gebouw wordt omgeven door groen. Het kerkgebouw bestaat alleen uit een begane grond. De kerkzaal is centraal gelegen met daarvoor een voorbouw. Door de U-vormige opzet van de voorbouw ontstaat een plein voor de kerk. Het gebouw is opgetrokken met witte baksteen maar de centrale gevel van de voorbouw is volledig voorzien van glas.
De Eben Haëzerkerk maakt onderdeel uit van het kerkenkruis Boeimeer. De wijk Boeimeer wordt namelijk door de Graaf Hendrik III laan en de Langendijk / Kortenaerlaan in 4 kwadranten opgesplitst. Het kruis dat gevormd wordt door deze straten wordt aan de vier uiteinden gemarkeerd door 4 kerken. In het noorden is dat de rooms-katholieke Petrus en Pauluskerk, die inmiddels is gesloopt en is vervangen door een kerkzaal. In het oosten is het de Doopsgezinde Kerk aan de Cimburgalaan en in het westen de gereformeerde Pelgrimskerk. In het zuiden is het de Eben Haëzerkerk.
