Het Begijnhof vormde een zelfstandige, zij het zéér kleine, parochie met een eigen pastoor. Er waren toen 38 begijnen. Pastoor Van Zon was verantwoordelijk voor de bouw van de nieuwe kerk op het hof. Willem van Zon (Oosterhout, 1783) werd als priester gewijd in 1807. In 1825 werd hij pastoor van het begijnhof te Breda, nadat hij twee jaar assistent was.
De katholieke begijnen waren hun Wendelinuskapel in 1590 kwijtgeraakt aan de Waalse gemeente. Pas na het herstel van de vrijheid van godsdienst in 1795 mochten de begijnen opnieuw een kerk bouwen.
De Begijnhofkerk is in 1836-1838 gebouwd in 'waterstaatsstijl'. Omdat het Begijnhof een zelfstandige parochie was, is het gebouw een kerk en geen kapel. Het kerkinterieur ademt nog helemaal de sfeer van het negentiende-eeuwse, vrome katholicisme.
Niet alle heiligen die je tegenkomt in de begijnhofkerk, zijn even bekend. Zo is er een glas in loodraam met een afbeelding van de Heilige Begga. Zij is een van de patroonheiligen van de begijnen. Niet omdat ze oorspronkelijk iets te maken had met de begijnen, maar vanwege de naamsovereenkomst. Eenzelfde overeenkomst zorgt er voor dat ze de patroonheilige van de stotteraars is. In het Frans heet een stotteraar namelijk een bègue.
